കേരളത്തിലെ ആദ്യത്തെ കെമിക്കല്‍ എക്സാമിനേഴ്സ് ലബോറട്ടറി പ്രവർത്തനം  ആരംഭിച്ചത് 1890-ലെ സർക്കാർ  ഉത്തരവിലൂടെയാണ്. അന്ന് കെമിക്കല്‍ എക്സാമിനേഴ്സ് ലബോറട്ടറി ആരോഗ്യവകുപ്പിനു കീഴിലായിരുന്നു. എന്നാല്‍ 1969 ജൂണ്‍ മാസത്തില്‍ കെമിക്കല്‍ എക്സാമിനേഴ്സ് ലബോറട്ടറിയെ ആഭ്യന്തര വകുപ്പിനു കീഴില്‍ ഒരു സ്വതന്ത്ര വകുപ്പായി സർക്കാർ ഉത്തരവ് ജി.ഒ(എംഎസ്)188/ആഭ്യന്തരം തീയതി 13/06/1969 പ്രകാരം മാറ്റുകയുണ്ടായി. തുടക്കത്തില്‍ തിരുവനന്തപുരത്ത് ഒരു ലബോറട്ടറിയായി  പ്രവർത്തനം ആരംഭിച്ച് ഇപ്പോള്‍ എറണാകുളത്തും കോഴിക്കോട്ടും ഓരോ റീജിയണല്‍ ലബോറട്ടറികളും പ്രവർത്തിക്കുന്നു . തെക്കന്‍ ജില്ലകളായ തിരുവനന്തപുരം, കൊല്ലം, കോട്ടയം, ആലപ്പുഴ, പത്തനംതിട്ട എന്നീ ജില്ലകളിലെ സാമ്പിളുകളാണ് തിരുവനന്തപുരം ലബോറട്ടറിയില്‍ സ്വീകരിക്കുന്നത്.